Ex3.5 VASP的输出文件 DOSCAR
这一节我们简单介绍VASP中另外一个比较重要的输出文件:DOSCAR。 对于分子我们都知道能级,轨道,填充数的这些基本概念。如果你对高斯或者其他均相体系模拟软件有所了解的话,对于DOSCAR,它就是用来描述固体体系中电子的分布情况,具体来说就是体系中不同轨道上的电子密度。在进行简单的讲解之前,我们先结合下面的图去回顾一下OUTCAR的情况,这也是大师兄本人总结的一个学习的基本流程思路,不论是VASP,还是QE,亦或者其他的计算软件。希望大家在学习之前,首先要把思路理清,然后再去学习具体的相关细节。
图片中的内容不难理解,
1) 我们进行计算主要是得到模型的几何以及电子结构相的关性质。而这些性质在哪里?在哪个输出文件中?如何通过输入文件来控制相关的输出? 这是我们必须要知道的。
2)知道了去哪个文件找结果的时候, 我们就需要了解文件中数据的格式,也就是每一行,每一列多代表的含义,关键信息在哪里?如果我们不知道各行各列的含义,即使有了数据,也是白搭;
3)当我们确定好关键信息的位置后,就需要一些特定的关键词来进行提取,也可以用相应的行数, 尤其是开头和末尾处的关键信息。这个时候,就需要用到一些脚本或者小程序来提高我们的工作效率。
4)我们提取的结果是原始数据,有时候可以直接用来画图或者分析,更多的时候还需要进一步的处理,具体根据我们的需求,比如做一些加减乘除,积分之类的操作获得我们所感兴趣的结果;
5)一旦完成数据的处理之后,我们就需要进行分析,第一步就是要先去确定结果是不是正确的。如果错误,是我们瞎算还是VASP瞎算?如果正确,我们怎么去理解结果背后的物理化学意义?
6)进一步总结我们的结论,纳入自己的知识体系,然后更加形象直观的表述出来,让大家都能理解。
对于所有VASP的输出文件,我们都需要按照上面的步骤去学习和理解。
第1-2点:DOSCAR的相关介绍以及数据的分布格式,可以参考VASP的官网。
这里需要注意的有三个INCAR的参数: EMIN, EMAX and NEDOS. 它们代表的是DOS的能量范围,以及在当前范围内数据点的数目。NEDOS默认值是301,有时候画出来的DOS峰比较刺挠,可以增加到1000试试。数值越大,DOSCAR包含的数据越多,文件也就越大,导致读写越来越困难,尤其是体系中原子数目比较多的时候。
下面的图简单介绍了DOSCAR开头部分的一些基本性质,后面的内容就是一些针对各个原子重复的部分。
注意的是:图中展示的是体系总的DOS信息,而且列的数目跟自旋,原子的轨道(s,p,d,f)相关,具体的情况要看INCAR的设置,下面是本节例子(去上一节下载)中体系总的DOS以及O原子的DOS信息
7-307行: energy DOS integrated DOS
309-end行: energy s-DOS(up) s-DOS(down) p-DOS(up) p-DOS(dwn) d-DOS(up) d-DOS(dwn)
第3-4点:提取相关的信息,可以自己写一个Python脚本或者使用Pymatgen来直接读取并进行下一步的分析。
第5-6点:这些是跟你学习的专业知识密切相关,基础扎实得到的结果就越好,基础不扎实的就是在胡乱一通分析。
总结:
这一节,需要你掌握的并不是去怎么分析DOSCAR的结果,而是先从脑子里建立一个VASP输出结果的学习思路。知道每个输出结果包含什么信息,文档中的数据格式以及它们的含义,关键信息怎么提取。 通过DOSCAR这个简单的例子,去熟悉这一学习的流程,然后我们再一步一步深入学习更加复杂的例子。