Ex3.4 VASP的输出文件 OUTCAR
OUTCAR是VASP的主要输出文件,但官网并没有给出太多详细具体的说明。
https://www.vasp.at/wiki/index.php/OUTCAR
大师兄对这一点也存在疑虑,思考了下其中的两个原因: 1) VASP可以计算的性质很多,每一个特定的任务都有其对应的输出内容,这就导致了OUTCAR的复杂多样性,比如说优化结构、频率、声子谱,能带、DOS等计算等,这些都会有特定的输出,需要用户根据自己的计算内容去学习; 2) 另外一个原因就是里面的条目太多了,每一项单独解释都需要花费大量的时间,工作人员偷懒,也就把这个问题留给了用户自己去解决。
我们主要通过下面的这个计算的例子中的OUTCAR进行讲解(当然你也可以用你自己的例子),简单介绍一下OUTCAR的基本结构以及输出内容,给大家一个大体的印象,不至于看到这么多行的结果眼花缭乱。
例子下载: O.tar.gz
1) 大家下载这个例子,解压文件。
tar -zxvf O.tar.gz
2) 打开OUTCAR文件,可以通过VIM, 也可以通过文本编辑器。最好是可以显示行数。(后面的讲解以下载的OUTCAR为准,行数都是固定好的,方便大家查询并理解。)
vim显示行数小窍门:在 Vim 命令模式下(按 Esc 回到命令模式),输入 :set number
, 关闭行数:则输入:set nonumber
。 输入中的 number 可以简化为nu。
3) 首先要告诉大家的是,VASP各个输出部分之间用横杠分割(---------------------),当你看到横杠的时候,就知道要进入结果的下一个部分内容了。
4) 下面是例子中的OUTCAR的一些简单介绍,大家对着行数去查看,去理解。大体知道每个部分的信息是怎么样的。
1-8: VASP会列出来其版本,时间,以及服务器的相关情况。所以,如果你不知道,自己的任务是VASP哪个版本计算的,也不知道如何去VASP的安装目录查找版本信息,可以运行一下,然后在OUTCAR的开头去找。
10-23: 我们的INCAR信息。
26-45: 警告信息:每次运行的时候(即使你的输入是正确的),VASP都会输出一个大大的WARNING来吓唬你,大家可以忽略它。但如果你的计算失败了,这个警告信息对你排查错误可能会有所帮助。
47-116: POTCAR基本信息,如果你想通过OUTCAR查看POTCAR中的元素时,可以使用下面的命令:
grep POTCAR OUTCAR
grep TIT OUTCAR
grep ENMAX OUTCAR
grep ZVAL OUTCAR
57行中:ZVAL是该POTCAR中对应元素的价电子,这里氧原子含有6个外层价电子。
118-196: POSCAR 相关的信息,也就是你的模型的一个相关描述,坐标格式,原子位置,以及晶胞的形状大小,体系的对称性以及点群操作相关的信息
198-234: KPOINTS的相关描述。
237-490: 计算任务参数的总结,这里会列出来所有与本任务相关的参数,如果你没有在INCAR中设置,它们就显示默认值。这个地方大家仔细看下, 大体有些印象即可。强调一下,不知道的参数,不要瞎往INCAR里面放,采用默认值就好。新手的话经常会加一些乱七八糟的参数,导致计算错误。
507:第一个离子步的计算开始。
512-544: 第一个电子步的收敛描述。
545-1095: SCF 电子步一步一步收敛
1097-1147: 结果输出:费米能级,能带上电子占据等信息, Band 1 对应的是2个 2s 电子, band 2,3,4 对应的是4个2P电子。固体物理中,费米能级对应的是最高电子占据轨道的能量,也就是HOMO,大家可以对比下band 2 3 4 和费米能级的能量。
1149-1173: 电子密度相关的描述
1175: 告诉我们SCF结束
1179-1274: 结果输出:电荷,结构,受力等信息。
1275-1300: 计算耗时,内存相关的总结。
分析完前面的内容,大家会发现:具体到里面各项的含义以及各个细节上,还有很多值得讨论的地方,比如群论,薛定谔方程求解过程,POTCAR的相关信息等。对于新手来说,看完本节,能大体浏览下来,知道各个部分包含什么内容就很不错了。
下面的图重复了一下前面的内容,并且加了一些相关的关键词,它们 在你通过使用 grep
命令提取OUTCAR中有效信息的时候非常有用, 也可以帮你快速定位查找的范围,节约时间。希望大家都能掌握如何获得关键词,以及如何使用它们提取信息。
总结: 本练习中,带领大家粗略浏览了一遍OUTCAR中各部分的信息。大家在浏览的时候时刻要思考,这部分包含的什么内容,具有什么物理或者化学意义? 怎么用grep 关键词获取有用的信息等。
由于计算内容的多样性,对于OUTCAR的详细解释,目前没有办法全部都展示,当然,在后续的计算过程中,我们还会结合具体的例子进行讲解。一般来说,等你计算上手之后,OUTCAR里面的很多内容可能等课题结束或者毕业了,都不会用到,更进一步说,你可能都不会打开OUTCAR了。因此,刚开始学习的时候不用担心里面的很多内容不理解。但,这不是你偷懒的理由,如果你想把VASP学好学精,这些都需要自己下功夫去琢磨理解。