Ex12.7 POSCAR 坐标格式转换脚本使用说明
本脚本 reformat.py 用于在 VASP 的 POSCAR 文件中,实现Cartesian(笛卡尔坐标) 和 Direct(分数坐标) 之间的相互转换。
如果对你有帮助,请我喝咖啡,打赏码在下载的脚本压缩包里面。下载:reformat.zip
📌 功能简介
- 只支持命令行运行,并且安装了ase。(没有安装请看本书前面的章节)
- 支持输入标准 POSCAR 文件
- 输出两种格式:
- Cartesian(笛卡尔坐标)
- Direct(分数坐标)
- 自动生成新的 POSCAR 文件,不覆盖原文件
📂 文件准备
方法一:放在当前目录(一次性的简单方式)
确保当前目录下包含:
POSCAR reformat.py
✔ 缺点:
- 每次都要把脚本复制到POSCAR所在的目录。
方法二(推荐):加入系统路径(避免每次都要复制)
建议将脚本放入 ~/bin
目录,这样可以在任意路径下直接调用脚本,而无需将其复制到每个工作目录。
步骤:
mkdir -p ~/bin
cp reformat.py ~/bin/
chmod +x ~/bin/reformat.py
✔ 优点:
- 不需要在 POSCAR 所在目录放置脚本
- 可以在任意目录直接运行
⚙️ 使用方法
1️⃣ 转换为 Cartesian 坐标的命令:
reformat.py POSCAR c
输出文件:
POSCAR_cartesian
2️⃣ 转换为 Direct 坐标的命令
reformat.py POSCAR d
输出文件:
POSCAR_direct
🧠 参数说明
参数 含义
POSCAR 输入文件 c 转换为 Cartesian d 转换为 Direct
📬 总结
reformat.py 是一个简单高效的工具,可以快速完成 POSCAR坐标格式转换,在结构处理流程中非常实用。