Ex12.7 POSCAR 坐标格式转换脚本使用说明

本脚本 reformat.py 用于在 VASP 的 POSCAR 文件中,实现Cartesian(笛卡尔坐标)Direct(分数坐标) 之间的相互转换。

如果对你有帮助,请我喝咖啡,打赏码在下载的脚本压缩包里面。下载:reformat.zip

📌 功能简介

  • 只支持命令行运行,并且安装了ase。(没有安装请看本书前面的章节)
  • 支持输入标准 POSCAR 文件
  • 输出两种格式:
    • Cartesian(笛卡尔坐标)
    • Direct(分数坐标)
  • 自动生成新的 POSCAR 文件,不覆盖原文件

📂 文件准备

方法一:放在当前目录(一次性的简单方式)

确保当前目录下包含:

POSCAR reformat.py

✔ 缺点:

  • 每次都要把脚本复制到POSCAR所在的目录。

方法二(推荐):加入系统路径(避免每次都要复制)

建议将脚本放入 ~/bin 目录,这样可以在任意路径下直接调用脚本,而无需将其复制到每个工作目录。

步骤:

mkdir -p ~/bin
cp reformat.py ~/bin/
chmod +x ~/bin/reformat.py

✔ 优点:

  • 不需要在 POSCAR 所在目录放置脚本
  • 可以在任意目录直接运行

⚙️ 使用方法

1️⃣ 转换为 Cartesian 坐标的命令:

reformat.py POSCAR c

输出文件:

POSCAR_cartesian


2️⃣ 转换为 Direct 坐标的命令

reformat.py POSCAR d

输出文件:

POSCAR_direct


🧠 参数说明

参数 含义


POSCAR 输入文件 c 转换为 Cartesian d 转换为 Direct


📬 总结

reformat.py 是一个简单高效的工具,可以快速完成 POSCAR坐标格式转换,在结构处理流程中非常实用。